Проекты и публикаци

Проекты

Проекты, выполняемые ИБГ РАН

  • M 1.2.1 Исследование механизма транссплайсинга и неканонической терминации транскрипции у высших эукариот
  • M 1.2.2 Изучение механизмов сборки регуляторных белковых комплексов на хроматине и нарушений 3D генома в развитии генетических заболеваний с применением CRISPR/Cas-системы
  • M 2.1.2 Генетическая модификация и гуманизация мышей для создания моделей сердечно-сосудистых патологий человека
  • M 2.1.3 Исследование потенциала гуманизации мышей и кроликов по белкам крови и создание гуманизированных кроликовпродуцентов биологически активных антитромбина и С1-ингибитора человека в молоке
  • M 2.2.5 Разработка клеточной модели невосприимчивости к инфекции ВИЧ-1 на основе генетически-кодируемых пептидных ингибиторов
  • M 2.3.1 Разработка новых инструментов геномного редактирования в клетках эукариот
  • M 2.3.2 Усовершенствованные подходы генного редактирования и доставки в модельных системах in vivo
  • M 2.4.2 Разработка программного комплекса интерпретируемой оценки целевой и нецелевой активности эффекторного комплекса CRISPR-Cas при помощи глубоких нейронных сетей
  • M 2.4.3 Разработка технологии восстановления CRISPR кассет у эпидемиологически значимых микроорганизмов
  • M 3.1.1 Новые in vivo модели для молекулярно-генетических исследований
  • M 3.2.1 Центр компетенций по трансгенезу и генному редактированию
  • M 3.2.3 Центр компетенций по микроскопии высокого разрешения и цифровой обработке изображений
  • M 4.2 Создание новых и совершенствование существующих образовательных программ по генетическим технологиям, подготовка кадров, участие в мероприятиях по популяризации науки, стажировка сотрудников, привлечение и закрепление ведущих ученых и перспективных молодых специалистов
  • M 6.2 Создание новых научных подразделений Центра под руководством ведущих и молодых ученых, реструктуризация лабораторий

Проекты, выполняемые ИМБ РАН

  • M 1.1.1 Животные модели на основе генетически модифицированных и гуманизированных мышей для изучения механизмов патологического воспаления
  • M 1.1.2 Вклад механизмов противовирусной защиты клеток и рецепторов иммунных контрольных точек в эффективность вирусного онколиза
  • M 1.2.3 Исследование генетических основ заболеваний человека при помощи высокоточного геномного редактирования короткоживущих рыб
  • M 2.1.1 Предклинические модели и исследования активности прототипов новых лекарств в генетически модифицированных и гуманизированных мышах
  • M 2.2.1 Создание модифицированных генетических систем на основе онколитических вирусов и иммунных клеток, для повышения селективности и эффективности иммуновиротерапии
  • M 2.2.8 Разработка синтетических штаммов - пробиотиков с направленными изменениями генома для терапии возрастных заболеваний
  • M 2.3.3 Новые подходы к подавлению негомологичной рекомбинации для встраивания в геномы протяженных фрагментов ДНК
  • M 2.4.1 CRISPR-биосенсоры для многопараметрического анализа молекулярных маркеров социальнозначимых заболеваний
  • M 3.1.2 Развитие инфраструктуры для проведения предклинических исследований на модельных мышах и рыбах
  • M 3.2.2 Центр компетенций по полногеномному анализу
  • M 3.2.4 Центр компетенций по клеточным технологиям
  • M 4.1 Создание новых и совершенствование существующих образовательных программ по генетическим технологиям, подготовка кадров, участие в мероприятиях по популяризации науки, стажировка сотрудников, привлечение и закрепление ведущих ученых и перспективных молодых специалистов
  • M 5.1 Научное сотрудничество с российскими и зарубежными научноисследовательскими и медицинскими центрами, взаимодействие с индустриальными партнерами в целях реализации мероприятий Программы
  • M 6.1 Создание новых научных подразделений Центра под руководством ведущих и молодых ученых, реструктуризация лабораторий

Проекты, выполняемые ФНКЦ ФХМ ФМБА России

  • M 2.2.4 Разработка изогенных клеточных систем для скрининга новых терапевтических молекул против нейродегенеративных полиглютаминовых заболеваний
  • M 2.2.7 Геномные и постгеномные технологии для преодоления проблем устойчивости злокачественных опухолей к лекарственной терапии
  • M 3.2.6 Центр компетенций по получению и анализу комплексных omics данных
  • M 4.4 Создание новых образовательных курсов по основам технологии геномного редактирования, подготовка кадров, привлечение и закрепление ведущих ученых и перспективных молодых специалистов

Проекты, выполняемые РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России

  • M 1.1.3 Систематизация знаний о Т-клеточных рецепторах с определенной антигенспецифичностью, а также ассоциированных с определенным состоянием организма
  • M 2.1.4 Термогенетические технологии управления активностью клеток мозга для стимуляции нейрогенеза
  • M 2.2.2 Платформа для идентификации мотивов последовательностей Т-клеточных рецепторов с известной специфичностью, а также ассоциированных с определенными заболеваниями
  • M 2.2.3 Подходы к соматической коррекции патологических генетических вариантов, связанных с развитием наследственных заболеваний у детей
  • M 2.2.6 Разработка технологии репрограммирования аутологичных фибробластов кожи для лечения диабета 1-го типа
  • M 2.3.4 Система редактирования генома CRISPRCas9 с повышенной эффективностью гомологичной рекомбинации
  • M 2.4.4 Создание набора реагентов для полноэкзомного обогащения библиотеки фрагментов ДНК перед высокопроизводительным секвенированием
  • M 3.2.5 Центр компетенций по анализу индивидуальных клеток
  • M 4.3 Создание новых и совершенствование существующих образовательных программ по генетическим технологиям, подготовка кадров, участие в мероприятиях по популяризации науки, стажировка сотрудников, привлечение и закрепление ведущих ученых и перспективных молодых специалистов
  • M 5.2 Научное сотрудничество с российскими и зарубежными научноисследовательскими и медицинскими центрами, взаимодействие с индустриальными партнерами в целях реализации мероприятий Программы
  • M 6.3 Создание новых научных подразделений Центра под руководством ведущих и молодых ученых, реструктуризация лабораторий

Избранные публикации

  1. Evmenov, K.; Pustogarov, N.; Panteleev, D.; Safin, A.; Alkalaeva, E. An Efficient Expression and Purification Protocol for SpCas9 Nuclease and Evaluation of Different Delivery Methods of Ribonucleoprotein. Int. J. Mol.Sci.2024,25,1622. https:// doi.org/10.3390/ijms25031622.
  2. Zhitkevich, A.; Bayurova, E.; Avdoshina, D.; Zakirova, N.; Frolova, G.; Chowdhury, S.; Ivanov, A.; Gordeychuk, I.; Palefsky, J.M.; et al. HIV-1 Reverse Transcriptase Expression in HPV16-Infected Epidermoid Carcinoma Cells Alters E6 Expression and Cellular Metabolism, and Induces a Hybrid Epithelial/Mesenchymal Cell Phenotype. Viruses 2024, 16, 193. https://doi.org/10.3390/v16020193. https://www.mdpi.com/1999-4915/16/2/193
  3. Britanova, O.V., Lupyr, K.R., Staroverov, D.B. et al. Targeted depletion of TRBV9+ T cells as immunotherapy in a patient with ankylosing spondylitis. Nat Med 29, 2731–2736 (2023). https://doi.org/10.1038/s41591-023-02613-z. https://www.nature.com/articles/s41591-023-02613-z
  4. Lebedeva, O.S.; Sharova, E.I.; Grekhnev, D.A.; Skorodumova, L.O.; Kopylova, I.V.; Vassina, E.M.; Oshkolova, A.; Novikova, I.V.; Krisanova, A.V.; Olekhnovich, E.I.; et al. An Efficient 2D Protocol for Differentiation of iPSCs into Mature Postmitotic Dopaminergic Neurons: Application for Modeling Parkinson’s Disease. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 7297. https://doi.org/10.3390/ ijms24087297. https://www.mdpi.com/1422-0067/24/8/7297
  5. Bogomiakova, M.E., Sekretova, E.K., Anufrieva, K.S. et al. iPSC-derived cells lack immune tolerance to autologous NK-cells due to imbalance in ligands for activating and inhibitory NK-cell receptors. Stem Cell Res Ther 14, 77 (2023). https://doi.org/10.1186/s13287-023-03308-5. https://stemcellres.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13287-023-03308-5
  6. Oksana S Bychenko, Alexei A Khrulev, Julia I Svetlova, Vladimir B Tsvetkov, Polina N Kamzeeva, Yulia V Skvortsova, Boris S Tupertsev, Igor A Ivanov, Leonid V Aseev, Yuriy M Khodarovich, Evgeny S Belyaev, Liubov I Kozlovskaya, Timofei S Zatsepin, Tatyana L Azhikina, Anna M Varizhuk, Andrey V Aralov, Red light-emitting short Mango-based system enables tracking a mycobacterial small noncoding RNA in infected macrophages, Nucleic Acids Research, Volume 51, Issue 6, 11 April 2023, Pages 2586–2601, https://doi.org/10.1093/nar/gkad100. https://academic.oup.com/nar/article/51/6/2586/7058187?login=false
  7. Petrunina, N. A.; Shtork, A. S.; Lukina, M. M.; Tsvetkov, V. B.; Khodarovich, Y. M.; Feofanov, A. V.; Moysenovich, A. M.; Maksimov, E. G.; Shipunova, V. O.; Zatsepin, T. S.; Bogomazova, A. N.; Shender, V. O.; Aralov, A. V.; Lagarkova, M. A.; Varizhuk, A. M. Ratiometric I-Motif-Based Sensor for Precise Long-Term Monitoring of PH Micro Alterations in the Nucleoplasm and Interchromatin Granules. ACS Sens 2023, 8 (2), 619– 629,  DOI: 10.1021/acssensors.2c01813. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssensors.2c01813
  8. Itaman, S.; Enikolopov, G.; Podgorny, O.V. Detection of De Novo Dividing Stem Cells In Situ through Double Nucleotide Analogue Labeling. Cells 2022, 11, 4001. https://doi.org/10.3390/cells11244001. https://www.mdpi.com/2073-4409/11/24/4001
  9. Larionova, T.D., Bastola, S., Aksinina, T.E. et al. Alternative RNA splicing modulates ribosomal composition and determines the spatial phenotype of glioblastoma cells. Nat Cell Biol 24, 1541–1557 (2022). https://doi.org/10.1038/s41556-022-00994-w. https://www.nature.com/articles/s41556-022-00994-w
  10. Kazakova AN, Anufrieva KS, Ivanova OM, Shnaider PV, Malyants IK, Aleshikova OI, Slonov AV, Ashrafyan LA, Babaeva NA, Eremeev AV, Boichenko VS, Lukina MM, Lagarkova MA, Govorun VM, Shender VO and Arapidi GP (2022) Deeper insights into transcriptional features of cancer-associated fibroblasts: An integrated meta-analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data. Front. Cell Dev. Biol. 10:825014. doi: 10.3389/fcell.2022.825014. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcell.2022.825014/full
  11. Goncharov M, Bagaev D, Shcherbinin D, Zvyagin I, Bolotin D, Thomas PG, Minervina AA, Pogorelyy MV, Ladell K, McLaren JE, Price DA, Nguyen THO, Rowntree LC, Clemens EB, Kedzierska K, Dolton G, Rius CR, Sewell A, Samir J, Luciani F, Zornikova KV, Khmelevskaya AA, Sheetikov SA, Efimov GA, Chudakov D, Shugay M. VDJdb in the pandemic era: a compendium of T cell receptors specific for SARS-CoV-2. Nat Methods. 2022 Sep;19(9):1017-1019. doi: 10.1038/s41592-022-01578-0. PMID: 35970936. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35970936/
  12. Pavlova I, Barinov N, Novikov R, Severov V, Iudin M, Vedekhina T, Larin A, Babenko V, Aralov A, Gnuchikh E, Sardushkin M, Klinov D, Tsvetkov V, Varizhuk A. Modeling G4s in chromatin context confirms partial nucleosome exclusion and reveals nucleosome-disrupting effects of the least selective G4 ligands. Biochimie. 2023 Jan;204:8-21. doi: 10.1016/j.biochi.2022.08.016. Epub 2022 Sep 3. PMID: 36063975. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0300908422002206
  13. Lizunova SA, Tsvetkov VB, Skvortsov DA, Kamzeeva PN, Ivanova OM, Vasilyeva LA, Chistov AA, Belyaev ES, Khrulev AA, Vedekhina TS, Bogomazova AN, Lagarkova MA, Varizhuk AM, Aralov AV. Anticancer activity of G4-targeting phenoxazine derivatives in vitro. Biochimie. 2022 Oct;201:43-54. doi: 10.1016/j.biochi.2022.07.001. Epub 2022 Jul 8. PMID: 35817132. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0300908422001778?via%3Dihub
  14. Kandinov I, Gryadunov D, Vinokurova A, Antonova O, Kubanov A, Solomka V, Shagabieva J, Deryabin D and Shaskolskiy B (2022) In vitro Susceptibility to β-Lactam Antibiotics and Viability of Neisseria gonorrhoeae Strains Producing Plasmid-Mediated Broad- and Extended-Spectrum β-Lactamases. Front. Microbiol. 13:896607. doi: 10.3389/fmicb.2022.896607. https://www.frontiersin.org/journals/microbiology/articles/10.3389/fmicb.2022.896607/full
  15. Shaskolskiy B, Kravtsov D, Kandinov I, Gorshkova S, Kubanov A, Solomka V, Deryabin D, Dementieva E and Gryadunov D (2022) Comparative Whole-Genome Analysis of Neisseria gonorrhoeae Isolates Revealed Changes in the Gonococcal Genetic Island and Specific Genes as a Link to Antimicrobial Resistance. Front. Cell. Infect. Microbiol. 12:831336. doi: 10.3389/fcimb.2022.831336. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcimb.2022.831336/full
  16. Maslennikova A, Kruglova N, Kalinichenko S, Komkov D, Shepelev M, Golubev D, Siniavin A, Vzorov A,Filatov A, Mazurov D. 2022. Engineering T-Cell Resistance to HIV-1 Infection via Knock-In of Peptides from the Heptad Repeat 2 Domain of gp41. mBio 13:e03589-21. https://doi.org/10.1128/mbio.03589-21. https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/mbio.03589-21?af=R
  17. Gordeeva V, Sharova E, Babalyan K, Sultanov R, Govorun VM, Arapidi G. Benchmarking germline CNV calling tools from exome sequencing data. Sci Rep. 2021 Jul 13;11(1):14416. doi: 10.1038/s41598-021-93878-2. PMID: 34257369; PMCID: PMC8277855. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8277855/
  18. Savvateeva, E.; Filippova, M.; Valuev-Elliston, V.; Nuralieva, N.; Yukina, M.; Troshina, E.; Baklaushev, V.; Ivanov, A.; Gryadunov, D. Microarray-Based Detection of Antibodies against SARS-CoV-2 Proteins, Common Respiratory Viruses and Type I Interferons. Viruses 2021, 13, 2553. https://doi.org/10.3390/v13122553. https://www.mdpi.com/1999-4915/13/12/2553
  19. Galiakberova, A.A., Surin, A.M., Bakaeva, Z.V. et al. IPSC-Derived Human Neurons with GCaMP6s Expression Allow In Vitro Study of Neurophysiological Responses to Neurochemicals. Neurochem Res 47, 952–966 (2022). https://doi.org/10.1007/s11064-021-03497-6. https://link.springer.com/article/10.1007/s11064-021-03497-6
  20. Tsvetkov V, Varizhuk A, Kozlovskaya L, Shtro A, Lebedeva O, Komissarov A, Vedekhina T, Manuvera V, Zubkova O, Eremeev A, Shustova E, Pozmogova G, Lioznov D, Ishmukhametov A, Lazarev V, Lagarkova M. EGCG as an anti-SARS-CoV-2 agent: Preventive versus therapeutic potential against original and mutant virus. Biochimie. 2021 Dec;191:27-32. doi: 10.1016/j.biochi.2021.08.003. Epub 2021 Aug 10. PMID: 34389380; PMCID: PMC8353982. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908421001954
  21. Kashirina A, Gavrina A, Kryukov E, Elagin V, Kolesova Y, Artyuhov A, Momotyuk E, Abdyyev V, Meshcheryakova N, Zagaynova E, Dashinimaev E, Kashina A. Energy Metabolism and Intracellular pH Alteration in Neural Spheroids Carrying Down Syndrome. Biomedicines. 2021 Nov 22;9(11):1741. doi: 10.3390/biomedicines9111741. PMID: 34829971; PMCID: PMC8615730. https://biomedgene.ru/nejralnye-organoidy-s-trisomiej-21-j-hromosomy-modeliruyut-patologicheskie-proczessy-proishodyashhie-v-mozge-paczientov-s-sindromom-dauna/
  22. Boris Shaskolskiy, Ilya Kandinov, Dmitry Kravtsov, Marina Filippova, Alexander Chestkov, Victoria Solomka, Alexey Kubanov, Dmitry Deryabin, Ekaterina Dementieva, Dmitry Gryadunov, Prediction of ceftriaxone MIC in Neisseria gonorrhoeae using DNA microarray technology and regression analysis, Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Volume 76, Issue 12, December 2021, Pages 3151–3158, https://doi.org/10.1093/jac/dkab308. https://academic.oup.com/jac/article/76/12/3151/6359519?login=false
  23. Zelenova EA, Kondratyev NV, Lezheiko TV, Tsarapkin GY, Kryukov AI, Kishinevsky AE, Tovmasyan AS, Momotyuk ED, Dashinimaev EB, Golimbet VE. Characterisation of Neurospheres-Derived Cells from Human Olfactory Epithelium. Cells. 2021 Jul 4;10(7):1690. doi: 10.3390/cells10071690. PMID: 34359860; PMCID: PMC8307784.. https://www.mdpi.com/2073-4409/10/7/1690
  24. Tikhonova, P.; Pavlova, I.; Isaakova, E.; Tsvetkov, V.; Bogomazova, A.; Vedekhina, T.; Luzhin, A.V.; Sultanov, R.; Severov, V.; Klimina, K.; et al. DNA G-Quadruplexes Contribute to CTCF Recruitment. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 7090. https://doi.org/10.3390/ijms22137090. https://www.mdpi.com/1422-0067/22/13/7090
  25. Savvateeva, E.N.; Yukina, M.Y.; Nuralieva, N.F.; Filippova, M.A.; Gryadunov, D.A.; Troshina, E.A. Multiplex Autoantibody Detection in Patients with Autoimmune Polyglandular Syndromes. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 5502. https://doi.org/10.3390/ijms22115502. https://www.mdpi.com/1422-0067/22/11/5502
  26. Evtushenko, N.A.; Beilin, A.K.; Dashinimaev, E.B.; Ziganshin, R.H.; Kosykh, A.V.; Perfilov, M.M.; Rippa, A.L.; Alpeeva, E.V.; Vasiliev, A.V.; Vorotelyak, E.A.; et al. hTERT-Driven Immortalization of RDEB Fibroblast and Keratinocyte Cell Lines Followed by Cre-Mediated Transgene Elimination. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 3809. https://doi.org/10.3390/ijms22083809. https://www.mdpi.com/1422-0067/22/8/3809
  27. Tsvetkov V, Varizhuk A, Kozlovskaya L, Shtro A, Lebedeva O, Komissarov A, Vedekhina T, Manuvera V, Zubkova O, Eremeev A, Shustova E, Pozmogova G, Lioznov D, Ishmukhametov A, Lazarev V, Lagarkova M. EGCG as an anti-SARS-CoV-2 agent: Preventive versus therapeutic potential against original and mutant virus. Biochimie. 2021 Dec;191:27-32. doi: 10.1016/j.biochi.2021.08.003. Epub 2021 Aug 10. PMID: 34389380; PMCID: PMC8353982. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34389380/
  28. Shuvalov, A., Shuvalova, E., Biziaev, N., Sokolova, E., Evmenov, K., Pustogarov, N., … Alkalaeva, E. (2021). Nsp1 of SARS-CoV-2 stimulates host translation termination. RNA Biology, 18(sup2), 804–817. https://doi.org/10.1080/15476286.2021.1999103. https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/15476286.2021.1999103
  29. Turaev AV, Isaakova EA, Severov VV, Bogomazova AN, Zatsepin TS, Sardushkin MV, Aralov AV, Lagarkova MA, Pozmogova GE, Varizhuk AM. Genomic DNA i-motifs as fast sensors responsive to near-physiological pH microchanges. Biosens Bioelectron. 2021 Mar 1;175:112864. doi: 10.1016/j.bios.2020.112864. Epub 2020 Dec 2. PMID: 33309217. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0956566320308502
  30. Beilin, A.K.; Evtushenko, N.A.; Lukyanov, D.K.; Murashkin, N.N.; Ambarchian, E.T.; Pushkov, A.A.; Savostyanov, K.V.; Fisenko, A.P.; Rogovaya, O.S.; Vasiliev, A.V.; et al. Signatures of Dermal Fibroblasts from RDEB Pediatric Patients. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 1792. https://doi.org/10.3390/ijms22041792. https://www.mdpi.com/1422-0067/22/4/1792
  31. Evmenov, K.; Pustogarov, N.; Panteleev, D.; Safin, A.; Alkalaeva, E. An Efficient Expression and Purification Protocol for SpCas9 Nuclease and Evaluation of Different Delivery Methods of Ribonucleoprotein. Int. J. Mol.Sci.2024,25,1622. https:// doi.org/10.3390/ijms25031622 . https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38338898/
  32. Zhitkevich, A.; Bayurova, E.; Avdoshina, D.; Zakirova, N.; Frolova, G.; Chowdhury, S.; Ivanov, A.; Gordeychuk, I.; Palefsky, J.M.; et al. HIV-1 Reverse Transcriptase Expression in HPV16-Infected Epidermoid Carcinoma Cells Alters E6 Expression and Cellular Metabolism, and Induces a Hybrid Epithelial/Mesenchymal Cell Phenotype. Viruses 2024, 16, 193. https://doi.org/10.3390/v16020193. https://www.mdpi.com/1999-4915/16/2/193
  33. Britanova, O.V., Lupyr, K.R., Staroverov, D.B. et al. Targeted depletion of TRBV9+ T cells as immunotherapy in a patient with ankylosing spondylitis. Nat Med 29, 2731–2736 (2023). https://doi.org/10.1038/s41591-023-02613-z. https://www.nature.com/articles/s41591-023-02613-z
  34. Lebedeva, O.S.; Sharova, E.I.; Grekhnev, D.A.; Skorodumova, L.O.; Kopylova, I.V.; Vassina, E.M.; Oshkolova, A.; Novikova, I.V.; Krisanova, A.V.; Olekhnovich, E.I.; et al. An Efficient 2D Protocol for Differentiation of iPSCs into Mature Postmitotic Dopaminergic Neurons: Application for Modeling Parkinson’s Disease. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 7297. https://doi.org/10.3390/ ijms24087297. https://www.mdpi.com/1422-0067/24/8/7297
  35. Bogomiakova, M.E., Sekretova, E.K., Anufrieva, K.S. et al. iPSC-derived cells lack immune tolerance to autologous NK-cells due to imbalance in ligands for activating and inhibitory NK-cell receptors. Stem Cell Res Ther 14, 77 (2023). https://doi.org/10.1186/s13287-023-03308-5. https://stemcellres.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13287-023-03308-5
  36. Oksana S Bychenko, Alexei A Khrulev, Julia I Svetlova, Vladimir B Tsvetkov, Polina N Kamzeeva, Yulia V Skvortsova, Boris S Tupertsev, Igor A Ivanov, Leonid V Aseev, Yuriy M Khodarovich, Evgeny S Belyaev, Liubov I Kozlovskaya, Timofei S Zatsepin, Tatyana L Azhikina, Anna M Varizhuk, Andrey V Aralov, Red light-emitting short Mango-based system enables tracking a mycobacterial small noncoding RNA in infected macrophages, Nucleic Acids Research, Volume 51, Issue 6, 11 April 2023, Pages 2586–2601, https://doi.org/10.1093/nar/gkad100. https://academic.oup.com/nar/article/51/6/2586/7058187?login=false
  37. Petrunina, N. A.; Shtork, A. S.; Lukina, M. M.; Tsvetkov, V. B.; Khodarovich, Y. M.; Feofanov, A. V.; Moysenovich, A. M.; Maksimov, E. G.; Shipunova, V. O.; Zatsepin, T. S.; Bogomazova, A. N.; Shender, V. O.; Aralov, A. V.; Lagarkova, M. A.; Varizhuk, A. M. Ratiometric I-Motif-Based Sensor for Precise Long-Term Monitoring of PH Micro Alterations in the Nucleoplasm and Interchromatin Granules. ACS Sens 2023, 8 (2), 619– 629,  DOI: 10.1021/acssensors.2c01813. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssensors.2c01813
  38. Itaman, S.; Enikolopov, G.; Podgorny, O.V. Detection of De Novo Dividing Stem Cells In Situ through Double Nucleotide Analogue Labeling. Cells 2022, 11, 4001. https://doi.org/10.3390/cells11244001. https://www.mdpi.com/2073-4409/11/24/4001
  39. Larionova, T.D., Bastola, S., Aksinina, T.E. et al. Alternative RNA splicing modulates ribosomal composition and determines the spatial phenotype of glioblastoma cells. Nat Cell Biol 24, 1541–1557 (2022). https://doi.org/10.1038/s41556-022-00994-w. https://www.nature.com/articles/s41556-022-00994-w
  40. Kazakova AN, Anufrieva KS, Ivanova OM, Shnaider PV, Malyants IK, Aleshikova OI, Slonov AV, Ashrafyan LA, Babaeva NA, Eremeev AV, Boichenko VS, Lukina MM, Lagarkova MA, Govorun VM, Shender VO and Arapidi GP (2022) Deeper insights into transcriptional features of cancer-associated fibroblasts: An integrated meta-analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data. Front. Cell Dev. Biol. 10:825014. doi: 10.3389/fcell.2022.825014. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcell.2022.825014/full
  41. Goncharov M, Bagaev D, Shcherbinin D, Zvyagin I, Bolotin D, Thomas PG, Minervina AA, Pogorelyy MV, Ladell K, McLaren JE, Price DA, Nguyen THO, Rowntree LC, Clemens EB, Kedzierska K, Dolton G, Rius CR, Sewell A, Samir J, Luciani F, Zornikova KV, Khmelevskaya AA, Sheetikov SA, Efimov GA, Chudakov D, Shugay M. VDJdb in the pandemic era: a compendium of T cell receptors specific for SARS-CoV-2. Nat Methods. 2022 Sep;19(9):1017-1019.
    doi: 10.1038/s41592-022-01578-0. PMID: 35970936. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35970936/
  42. Pavlova I, Barinov N, Novikov R, Severov V, Iudin M, Vedekhina T, Larin A, Babenko V, Aralov A, Gnuchikh E, Sardushkin M, Klinov D, Tsvetkov V, Varizhuk A. Modeling G4s in chromatin context confirms partial nucleosome exclusion and reveals nucleosome-disrupting effects of the least selective G4 ligands. Biochimie. 2023 Jan;204:8-21. doi: 10.1016/j.biochi.2022.08.016. Epub 2022 Sep 3. PMID: 36063975. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0300908422002206
  43. Lizunova SA, Tsvetkov VB, Skvortsov DA, Kamzeeva PN, Ivanova OM, Vasilyeva LA, Chistov AA, Belyaev ES, Khrulev AA, Vedekhina TS, Bogomazova AN, Lagarkova MA, Varizhuk AM, Aralov AV. Anticancer activity of G4-targeting phenoxazine derivatives in vitro. Biochimie. 2022 Oct;201:43-54. doi: 10.1016/j.biochi.2022.07.001. Epub 2022 Jul 8. PMID: 35817132. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0300908422001778?via%3Dihub
  44. Kandinov I, Gryadunov D, Vinokurova A, Antonova O, Kubanov A, Solomka V, Shagabieva J, Deryabin D and Shaskolskiy B (2022) In vitro Susceptibility to β-Lactam Antibiotics and Viability of Neisseria gonorrhoeae Strains Producing Plasmid-Mediated Broad- and Extended-Spectrum β-Lactamases. Front. Microbiol. 13:896607. doi: 10.3389/fmicb.2022.896607. https://www.frontiersin.org/journals/microbiology/articles/10.3389/fmicb.2022.896607/full
  45. Shaskolskiy B, Kravtsov D, Kandinov I, Gorshkova S, Kubanov A, Solomka V, Deryabin D, Dementieva E and Gryadunov D (2022) Comparative Whole-Genome Analysis of Neisseria gonorrhoeae Isolates Revealed Changes in the Gonococcal Genetic Island and Specific Genes as a Link to Antimicrobial Resistance. Front. Cell. Infect. Microbiol. 12:831336. doi: 10.3389/fcimb.2022.831336. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcimb.2022.831336/full
  46. Maslennikova A, Kruglova N, Kalinichenko S, Komkov D, Shepelev M, Golubev D, Siniavin A, Vzorov A,Filatov A, Mazurov D. 2022. Engineering T-Cell Resistance to HIV-1 Infection via Knock-In of Peptides from the Heptad Repeat 2 Domain of gp41. mBio 13:e03589-21. https://doi.org/10.1128/mbio.03589-21. https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/mbio.03589-21?af=R
  47. Gordeeva V, Sharova E, Babalyan K, Sultanov R, Govorun VM, Arapidi G. Benchmarking germline CNV calling tools from exome sequencing data. Sci Rep. 2021 Jul 13;11(1):14416. doi: 10.1038/s41598-021-93878-2. PMID: 34257369; PMCID: PMC8277855. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8277855/
  48. Savvateeva, E.; Filippova, M.; Valuev-Elliston, V.; Nuralieva, N.; Yukina, M.; Troshina, E.; Baklaushev, V.; Ivanov, A.; Gryadunov, D. Microarray-Based Detection of Antibodies against SARS-CoV-2 Proteins, Common Respiratory Viruses and Type I Interferons. Viruses 2021, 13, 2553. https://doi.org/10.3390/v13122553. https://www.mdpi.com/1999-4915/13/12/2553
  49. Galiakberova, A.A., Surin, A.M., Bakaeva, Z.V. et al. IPSC-Derived Human Neurons with GCaMP6s Expression Allow In Vitro Study of Neurophysiological Responses to Neurochemicals. Neurochem Res 47, 952–966 (2022). https://doi.org/10.1007/s11064-021-03497-6. https://link.springer.com/article/10.1007/s11064-021-03497-6
  50. Tsvetkov V, Varizhuk A, Kozlovskaya L, Shtro A, Lebedeva O, Komissarov A, Vedekhina T, Manuvera V, Zubkova O, Eremeev A, Shustova E, Pozmogova G, Lioznov D, Ishmukhametov A, Lazarev V, Lagarkova M. EGCG as an anti-SARS-CoV-2 agent: Preventive versus therapeutic potential against original and mutant virus. Biochimie. 2021 Dec;191:27-32. doi: 10.1016/j.biochi.2021.08.003. Epub 2021 Aug 10. PMID: 34389380; PMCID: PMC8353982. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908421001954
  51. Kashirina A, Gavrina A, Kryukov E, Elagin V, Kolesova Y, Artyuhov A, Momotyuk E, Abdyyev V, Meshcheryakova N, Zagaynova E, Dashinimaev E, Kashina A. Energy Metabolism and Intracellular pH Alteration in Neural Spheroids Carrying Down Syndrome. Biomedicines. 2021 Nov 22;9(11):1741. doi: 10.3390/biomedicines9111741. PMID: 34829971; PMCID: PMC8615730. https://biomedgene.ru/nejralnye-organoidy-s-trisomiej-21-j-hromosomy-modeliruyut-patologicheskie-proczessy-proishodyashhie-v-mozge-paczientov-s-sindromom-dauna/
  52. Boris Shaskolskiy, Ilya Kandinov, Dmitry Kravtsov, Marina Filippova, Alexander Chestkov, Victoria Solomka, Alexey Kubanov, Dmitry Deryabin, Ekaterina Dementieva, Dmitry Gryadunov, Prediction of ceftriaxone MIC in Neisseria gonorrhoeae using DNA microarray technology and regression analysis, Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Volume 76, Issue 12, December 2021, Pages 3151–3158, https://doi.org/10.1093/jac/dkab308. https://academic.oup.com/jac/article/76/12/3151/6359519?login=false
  53. Zelenova EA, Kondratyev NV, Lezheiko TV, Tsarapkin GY, Kryukov AI, Kishinevsky AE, Tovmasyan AS, Momotyuk ED, Dashinimaev EB, Golimbet VE. Characterisation of Neurospheres-Derived Cells from Human Olfactory Epithelium. Cells. 2021 Jul 4;10(7):1690. doi: 10.3390/cells10071690. PMID: 34359860; PMCID: PMC8307784.. https://www.mdpi.com/2073-4409/10/7/1690
  54. Tikhonova, P.; Pavlova, I.; Isaakova, E.; Tsvetkov, V.; Bogomazova, A.; Vedekhina, T.; Luzhin, A.V.; Sultanov, R.; Severov, V.; Klimina, K.; et al. DNA G-Quadruplexes Contribute to CTCF Recruitment. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 7090. https://doi.org/10.3390/ijms22137090. https://www.mdpi.com/1422-0067/22/13/7090
  55. Savvateeva, E.N.; Yukina, M.Y.; Nuralieva, N.F.; Filippova, M.A.; Gryadunov, D.A.; Troshina, E.A. Multiplex Autoantibody Detection in Patients with Autoimmune Polyglandular Syndromes. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 5502. https://doi.org/10.3390/ijms22115502. https://www.mdpi.com/1422-0067/22/11/5502
  56. Evtushenko, N.A.; Beilin, A.K.; Dashinimaev, E.B.; Ziganshin, R.H.; Kosykh, A.V.; Perfilov, M.M.; Rippa, A.L.; Alpeeva, E.V.; Vasiliev, A.V.; Vorotelyak, E.A.; et al. hTERT-Driven Immortalization of RDEB Fibroblast and Keratinocyte Cell Lines Followed by Cre-Mediated Transgene Elimination. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 3809. https://doi.org/10.3390/ijms22083809. https://www.mdpi.com/1422-0067/22/8/3809
  57. Tsvetkov V, Varizhuk A, Kozlovskaya L, Shtro A, Lebedeva O, Komissarov A, Vedekhina T, Manuvera V, Zubkova O, Eremeev A, Shustova E, Pozmogova G, Lioznov D, Ishmukhametov A, Lazarev V, Lagarkova M. EGCG as an anti-SARS-CoV-2 agent: Preventive versus therapeutic potential against original and mutant virus. Biochimie. 2021 Dec;191:27-32. doi: 10.1016/j.biochi.2021.08.003. Epub 2021 Aug 10. PMID: 34389380; PMCID: PMC8353982. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34389380/
  58. Shuvalov, A., Shuvalova, E., Biziaev, N., Sokolova, E., Evmenov, K., Pustogarov, N., … Alkalaeva, E. (2021). Nsp1 of SARS-CoV-2 stimulates host translation termination. RNA Biology, 18(sup2), 804–817. https://doi.org/10.1080/15476286.2021.1999103. https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/15476286.2021.1999103
  59. Turaev AV, Isaakova EA, Severov VV, Bogomazova AN, Zatsepin TS, Sardushkin MV, Aralov AV, Lagarkova MA, Pozmogova GE, Varizhuk AM. Genomic DNA i-motifs as fast sensors responsive to near-physiological pH microchanges. Biosens Bioelectron. 2021 Mar 1;175:112864. doi: 10.1016/j.bios.2020.112864. Epub 2020 Dec 2. PMID: 33309217. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0956566320308502
  60. Beilin, A.K.; Evtushenko, N.A.; Lukyanov, D.K.; Murashkin, N.N.; Ambarchian, E.T.; Pushkov, A.A.; Savostyanov, K.V.; Fisenko, A.P.; Rogovaya, O.S.; Vasiliev, A.V.; et al. Signatures of Dermal Fibroblasts from RDEB Pediatric Patients. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 1792. https://doi.org/10.3390/ijms22041792. https://www.mdpi.com/1422-0067/22/4/1792