Проекты и публикации

Проекты, выполняемые ИБГ РАН

  • M 1.2.1 Исследование механизма транссплайсинга и неканонической терминации транскрипции у высших эукариот
  • M 1.2.2 Изучение механизмов сборки регуляторных белковых комплексов на хроматине и нарушений 3D генома в развитии генетических заболеваний с применением CRISPR/Cas-системы
  • M 2.1.2 Генетическая модификация и гуманизация мышей для создания моделей сердечно-сосудистых патологий человека
  • M 2.1.3 Исследование потенциала гуманизации мышей и кроликов по белкам крови и создание гуманизированных кроликовпродуцентов биологически активных антитромбина и С1-ингибитора человека в молоке
  • M 2.2.5 Разработка клеточной модели невосприимчивости к инфекции ВИЧ-1 на основе генетически-кодируемых пептидных ингибиторов
  • M 2.3.1 Разработка новых инструментов геномного редактирования в клетках эукариот
  • M 2.3.2 Усовершенствованные подходы генного редактирования и доставки в модельных системах in vivo
  • M 2.4.2 Разработка программного комплекса интерпретируемой оценки целевой и нецелевой активности эффекторного комплекса CRISPR-Cas при помощи глубоких нейронных сетей
  • M 2.4.3 Разработка технологии восстановления CRISPR кассет у эпидемиологически значимых микроорганизмов
  • M 3.1.1 Новые in vivo модели для молекулярно-генетических исследований
  • M 3.2.1 Центр компетенций по трансгенезу и генному редактированию
  • M 3.2.3 Центр компетенций по микроскопии высокого разрешения и цифровой обработке изображений
  • M 4.2 Создание новых и совершенствование существующих образовательных программ по генетическим технологиям, подготовка кадров, участие в мероприятиях по популяризации науки, стажировка сотрудников, привлечение и закрепление ведущих ученых и перспективных молодых специалистов
  • M 6.2 Создание новых научных подразделений Центра под руководством ведущих и молодых ученых, реструктуризация лабораторий

Проекты, выполняемые ИМБ РАН

  • M 1.1.1 Животные модели на основе генетически модифицированных и гуманизированных мышей для изучения механизмов патологического воспаления
  • M 1.1.2 Вклад механизмов противовирусной защиты клеток и рецепторов иммунных контрольных точек в эффективность вирусного онколиза
  • M 1.2.3 Исследование генетических основ заболеваний человека при помощи высокоточного геномного редактирования короткоживущих рыб
  • M 2.1.1 Предклинические модели и исследования активности прототипов новых лекарств в генетически модифицированных и гуманизированных мышах
  • M 2.2.1 Создание модифицированных генетических систем на основе онколитических вирусов и иммунных клеток, для повышения селективности и эффективности иммуновиротерапии
  • M 2.2.8 Разработка синтетических штаммов - пробиотиков с направленными изменениями генома для терапии возрастных заболеваний
  • M 2.3.3 Новые подходы к подавлению негомологичной рекомбинации для встраивания в геномы протяженных фрагментов ДНК
  • M 2.4.1 CRISPR-биосенсоры для многопараметрического анализа молекулярных маркеров социальнозначимых заболеваний
  • M 3.1.2 Развитие инфраструктуры для проведения предклинических исследований на модельных мышах и рыбах
  • M 3.2.2 Центр компетенций по полногеномному анализу
  • M 3.2.4 Центр компетенций по клеточным технологиям
  • M 4.1 Создание новых и совершенствование существующих образовательных программ по генетическим технологиям, подготовка кадров, участие в мероприятиях по популяризации науки, стажировка сотрудников, привлечение и закрепление ведущих ученых и перспективных молодых специалистов
  • M 5.1 Научное сотрудничество с российскими и зарубежными научноисследовательскими и медицинскими центрами, взаимодействие с индустриальными партнерами в целях реализации мероприятий Программы
  • M 6.1 Создание новых научных подразделений Центра под руководством ведущих и молодых ученых, реструктуризация лабораторий

Проекты, выполняемые ФНКЦ ФХМ ФМБА России

  • M 2.2.4 Разработка изогенных клеточных систем для скрининга новых терапевтических молекул против нейродегенеративных полиглютаминовых заболеваний
  • M 2.2.7 Геномные и постгеномные технологии для преодоления проблем устойчивости злокачественных опухолей к лекарственной терапии
  • M 3.2.6 Центр компетенций по получению и анализу комплексных omics данных
  • M 4.4 Создание новых образовательных курсов по основам технологии геномного редактирования, подготовка кадров, привлечение и закрепление ведущих ученых и перспективных молодых специалистов

Проекты, выполняемые РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России

  • M 1.1.3 Систематизация знаний о Т-клеточных рецепторах с определенной антигенспецифичностью, а также ассоциированных с определенным состоянием организма
  • M 2.1.4 Термогенетические технологии управления активностью клеток мозга для стимуляции нейрогенеза
  • M 2.2.2 Платформа для идентификации мотивов последовательностей Т-клеточных рецепторов с известной специфичностью, а также ассоциированных с определенными заболеваниями
  • M 2.2.3 Подходы к соматической коррекции патологических генетических вариантов, связанных с развитием наследственных заболеваний у детей
  • M 2.2.6 Разработка технологии репрограммирования аутологичных фибробластов кожи для лечения диабета 1-го типа
  • M 2.3.4 Система редактирования генома CRISPRCas9 с повышенной эффективностью гомологичной рекомбинации
  • M 2.4.4 Создание набора реагентов для полноэкзомного обогащения библиотеки фрагментов ДНК перед высокопроизводительным секвенированием
  • M 3.2.5 Центр компетенций по анализу индивидуальных клеток
  • M 4.3 Создание новых и совершенствование существующих образовательных программ по генетическим технологиям, подготовка кадров, участие в мероприятиях по популяризации науки, стажировка сотрудников, привлечение и закрепление ведущих ученых и перспективных молодых специалистов
  • M 5.2 Научное сотрудничество с российскими и зарубежными научноисследовательскими и медицинскими центрами, взаимодействие с индустриальными партнерами в целях реализации мероприятий Программы
  • M 6.3 Создание новых научных подразделений Центра под руководством ведущих и молодых ученых, реструктуризация лабораторий

Публикации

  1. Shomuradova AS, Vagida MS, Sheetikov SA, Zornikova KV, Kiryukhin D, Titov A, Peshkova IO, Khmelevskaya A, Dianov DV, Malasheva M, Shmelev A, et al. SARS-CoV-2 epitopes are recognized by a public and diverse repertoire of human T cell receptors. Immunity,2020. Available online 13 November 2020. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761320304696
  2. Fedorova I, Vasileva A, Selkova P, Abramova M, Arseniev A, Pobegalov G, Kazalov M, Musharova O, Goryanin I, Artamonova D, Zyubko T, Shmakov S, Artamonova T, Khodorkovskii M, Severinov K. PpCas9 from Pasteurella pneumotropica - a compact Type II-C Cas9 ortholog active in human cells. Nucleic Acids Res. 2020 Nov 5:gkaa998. doi: 10.1093/nar/gkaa998. PMID: 33152077. https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa998/5957178
  3. Karpov DS, Spirin PV, Zheltukhin AO, Tutyaeva VV, Zinovieva OL, Grineva EN, Matrosova VA, Krasnov GS, Snezhkina AV, Kudryavtseva AV, Prassolov VS, Mashkova TD, Lisitsyn NA. LINC00973 Induces Proliferation Arrest of Drug-Treated Cancer Cells by Preventing p21 Degradation. Int J Mol Sci. 2020 Nov 6;21(21):8322. doi: 10.3390/ijms21218322. PMID: 33171937; PMCID: PMC7664178. https://www.mdpi.com/1422-0067/21/21/8322
  4. Spasskaya DS, Nadolinskaia NI, Tutyaeva VV, Lysov YP, Karpov VL, Karpov DS. Yeast Rpn4 Links the Proteasome and DNA Repair via RAD52 Regulation. Int J Mol Sci. 2020 Oct 30;21(21):8097. doi: 10.3390/ijms21218097. PMID: 33143019; PMCID: PMC7672625. https://doi.org/10.3390/ijms21218097
  5. Tyakht A, Kopeliovich A, Klimenko N, Efimova D, Dovidchenko N, Odintsova V, Kleimenov M, Toshchakov S, Popova A, Khomyakova M, Merkel A. Characteristics of bacterial and yeast microbiomes in spontaneous and mixed-fermentation beer and cider. Food Microbiology. 2021. 94:103658. https://doi.org/10.1016/j.fm.2020.103658
  6. Amblard I, Thauvin M, Rampon C, Queguiner I, Pak VV, Belousov V, Prochiantz A, Volovitch M, Joliot A, Vriz S. H2O2 and Engrailed 2 paracrine activity synergize to shape the zebrafish optic tectum. Commun Biol. 2020 Sep 29;3(1):536. doi: 10.1038/s42003-020-01268-7. PMID: 32994473; PMCID: PMC7524761. https://doi.org/10.1038/s42003-020-01268-7
  7. Mironov A, Seregina T, Shatalin K, Nagornykh M, Shakulov R, Nudler E. CydDC functions as a cytoplasmic cystine reductase to sensitize Escherichia coli to oxidative stress and aminoglycosides. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Sep 22;117(38):23565-23570. doi: 10.1073/pnas.2007817117. Epub 2020 Sep 8. PMID: 32900959; PMCID: PMC7519257. https://doi.org/10.1073/pnas.2007817117
  8. Barennes P, Quiniou V, Shugay M, Egorov ES, Davydov AN, Chudakov DM, Uddin I, Ismail M, Oakes T, Chain B, Eugster A, Kashofer K, Rainer PP, Darko S, Ransier A, Douek DC, Klatzmann D, Mariotti-Ferrandiz E. Benchmarking of T cell receptor repertoire profiling methods reveals large systematic biases. Nat Biotechnol. 2020 Sep 7. doi: 10.1038/s41587-020-0656-3. Epub ahead of print. PMID: 32895550. https://doi.org/10.1038/s41587-020-0656-3
  9. Kruglov A, Drutskaya M, Schlienz D, Gorshkova E, Kurz K, Morawietz L, Nedospasov S. Contrasting contributions of TNF from distinct cellular sources in arthritis. Ann Rheum Dis. 2020 Nov;79(11):1453-1459. doi: 10.1136/annrheumdis-2019-216068. Epub 2020 Aug 12. PMID: 32796044; PMCID: PMC7569389. http://dx.doi.org/10.1136/annrheumdis-2019-216068
  10. Ovchinnikov SV, Bikmetov D, Livenskyi A, Serebryakova M, Wilcox B, Mangano K, Shiriaev DI, Osterman IA, Sergiev PV, Borukhov S, Vazquez-Laslop N, Mankin AS, Severinov K, Dubiley S. Mechanism of translation inhibition by type II GNAT toxin AtaT2. Nucleic Acids Res. 2020 Sep 4;48(15):8617-8625. doi: 10.1093/nar/gkaa551. PMID: 32597957; PMCID: PMC7470980. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa551
  11. Selkova P, Vasileva A, Pobegalov G, Musharova O, Arseniev A, Kazalov M, Zyubko T, Shcheglova N, Artamonova T, Khodorkovskii M, Severinov K, Fedorova I. Position of Deltaproteobacteria Cas12e nuclease cleavage sites depends on spacer length of guide RNA. RNA Biol. 2020 Oct;17(10):1472-1479. doi: 10.1080/15476286.2020.1777378. Epub 2020 Jun 21. PMID: 32564655; PMCID: PMC7549622. https://doi.org/10.1080/15476286.2020.1777378
  12. Kostyuk AI, Kokova AD, Podgorny OV, Kelmanson IV, Fetisova ES, Belousov VV, Bilan DS. Genetically Encoded Tools for Research of Cell Signaling and Metabolism under Brain Hypoxia. Antioxidants (Basel). 2020 Jun 11;9(6):516. doi: 10.3390/antiox9060516. PMID: 32545356; PMCID: PMC7346190. https://doi.org/10.3390/antiox9060516
  13. Isaev A, Drobiazko A, Sierro N, Gordeeva J, Yosef I, Qimron U, Ivanov NV, Severinov K. Phage T7 DNA mimic protein Ocr is a potent inhibitor of BREX defence. Nucleic Acids Res. 2020 Jun 4;48(10):5397-5406. doi: 10.1093/nar/gkaa290. Erratum in: Nucleic Acids Res. 2020 Jul 27;48(13):7601-7602. PMID: 32338761; PMCID: PMC7261183. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa290
  14. Pavlova II, Tsvetkov VB, Isaakova EA, Severov VV, Khomyakova EA, Lacis IA, Lazarev VN, Lagarkova MA, Pozmogova GE, Varizhuk AM. Transcription-facilitating histone chaperons interact with genomic and synthetic G4 structures. Int J Biol Macromol. 2020 Oct 1;160:1144-1157. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2020.05.173. Epub 2020 May 23. PMID: 32454109. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2020.05.173
  15. Aparicio-Soto M, Riedel F, Leddermann M, Bacher P, Scheffold A, Kuhl H, Timmermann B, Chudakov DM, Molin S, Worm M, Heine G, Thierse HJ, Luch A, Siewert K. TCRs with segment TRAV9-2 or a CDR3 histidine are overrepresented among nickel-specific CD4+ T cells. Allergy. 2020 Oct;75(10):2574-2586. doi: 10.1111/all.14322. Epub 2020 May 13. PMID: 32298488. https://doi.org/10.1111/all.14322
  16. Subach OM, Sotskov VP, Plusnin VV, Gruzdeva AM, Barykina NV, Ivashkina OI, Anokhin KV, Nikolaeva AY, Korzhenevskiy DA, Vlaskina AV, Lazarenko VA, Boyko KM, Rakitina TV, Varizhuk AM, Pozmogova GE, Podgorny OV, Piatkevich KD, Boyden ES, Subach FV. Novel Genetically Encoded Bright Positive Calcium Indicator NCaMP7 Based on the mNeonGreen Fluorescent Protein. Int J Mol Sci. 2020 Feb 28;21(5):1644. doi: 10.3390/ijms21051644. PMID: 32121243; PMCID: PMC7084697. https://doi.org/10.3390/ijms21051644
  17. Minervina AA, Pogorelyy MV, Komech EA, Karnaukhov VK, Bacher P, Rosati E, Franke A, Chudakov DM, Mamedov IZ, Lebedev YB, Mora T, Walczak AM. Primary and secondary anti-viral response captured by the dynamics and phenotype of individual T cell clones. Elife. 2020 Feb 21;9:e53704. doi: 10.7554/eLife.53704. PMID: 32081129; PMCID: PMC7060039. https://elifesciences.org/articles/53704
  18. Shiriaeva A, Fedorov I, Vyhovskyi D, Severinov K. Detection of CRISPR adaptation. Biochem Soc Trans. 2020 Feb 28;48(1):257-269. doi: 10.1042/BST20190662. PMID: 32010936; PMCID: PMC7054753. https://doi.org/10.1042/BST20190662
  19. Peretokina IV, Krylova LY, Antonova OV, Kholina MS, Kulagina EV, Nosova EY, Safonova SG, Borisov SE, Zimenkov DV. Reduced susceptibility and resistance to bedaquiline in clinical M. tuberculosis isolates. J Infect. 2020 May;80(5):527-535. doi: 10.1016/j.jinf.2020.01.007. PMID: 31981638. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.01.007
  20. Shaskolskiy BL, Dementieva EI, Kandinov ID, Chestkov AV, Kubanov AA, Deryabin DG, Gryadunov DA. Genetic diversity of Neisseria gonorrhoeae multiantigen sequence types in Russia and Europe. International Journal of Infectious Diseases 2020, 93:1-8. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.01.020
  21. Fedorova I, Arseniev A, Selkova P, Pobegalov G, Goryanin I, Vasileva A, Musharova O, Abramova M, Kazalov M, Zyubko T, Artamonova T, Artamonova D, Shmakov S, Khodorkovskii M, Severinov K. DNA targeting by Clostridium cellulolyticum CRISPR-Cas9 Type II-C system. Nucleic Acids Res. 2020 Feb 28;48(4):2026-2034. doi: 10.1093/nar/gkz1225. PMID: 31943070; PMCID: PMC7038990. https://doi.org/10.1093/nar/gkz1225
  22. Krasnov GS, Puzanov GA, Afanasyeva MA, Dashinimaev EB, Vishnyakova KS, Beniaminov AD, Adzhubei AA, Kondratieva TT, Yegorov YE, Senchenko VN. Tumor suppressor properties of the small C-terminal domain phosphatases in non-small cell lung cancer. Biosci Rep. 2019 Dec 20;39(12):BSR20193094. doi: 10.1042/BSR20193094. PMID: 31774910; PMCID: PMC6911153. https://doi.org/10.1042/bsr20193094